樱跑去间桐家去找脏砚，要了结一切，如果杀不了脏砚，就自杀，并让rider留在自己房间之中，伪装成自己。
可是虫爷对樱的一举一动了如指掌，并做了狡猾的安排：樱在间桐家遇到了渣二。
渣二意图强X了樱，并且由于对卫宫和凛的嫉妒，不停从言语上侮辱樱，樱的肉体和精神也遭受着刻印虫和黑影的折磨，最终在虫爷的诱导下，樱彻底黑化了！
樱杀死了渣二。
“什么啊，只有这点能耐吗？并没有我想象中那么强嘛，姐姐。”
急忙跑回家中的卫宫，发现樱已经黑化，并且闯进家中要带走伊莉雅作为召唤圣杯的祭品。凛出面阻止，却被樱吸取了魔力。
樱冷漠的话语跟此前那温柔的樱恍若两人，她的身上爬满了散发这邪恶污秽气息的血色纹路。
樱想要杀掉凛，卫宫阻拦，黑化的樱竟然想要对卫宫出手！
那是她曾经唯一所喜欢的人，是带给她温暖的人。
如今竟然毫不犹豫的对卫宫出手。
但是，曾经还未黑化时，她对rider用了最后一个令咒：保护卫宫。
正是那一个令咒，rider从黑樱的手下救下了卫宫。
倘若真的杀掉了自己唯一的亲人与唯一的爱人，那么她将永堕黑暗，再也无法回头。但是，她用自己最后的一个令咒，将在那黑暗的狂风中微弱、渺小仿佛随时都要熄灭的光明守护住了。
伊莉雅挺身而出，自愿跟黑樱离开，让樱放过了其他人，并且将樱带去了她的城堡。
一直以来都是作为幕后大BOSS登场的绮礼，在这里竟然提出了跟卫宫联手，两人趁着黑樱正处于被侵蚀的痛苦之际，救出了伊莉雅。
虫爷跟真assassin追来，绮礼断后，让卫宫跟伊莉雅先跑。
绮礼展现出了非人类的实力，跟英灵真assassin和虫爷一起战斗竟也不落下风，利用自己的身体优势（心脏被黑泥填充而活着），故意给真assassin露了一个破绽，引诱他使用出对自己完全无效的妄想心音，然后趁机杀掉了虫爷的肉体。
成功将伊莉雅救出来后，伊莉雅讲述了安哥拉•曼纽来龙去脉和圣杯的真相。
黑樱的幻影出现，通知卫宫和远坂凛赶快逃跑，因为她自己不知道什么时候就会迷失本性。而远坂凛却明确告诉樱，自己一定会去杀了她。
樱凄惨地笑着消失了。
卫宫、伊莉雅、凛三人为最后的战斗制作出了宝石剑。
虫爷肉体被杀，但是却还没有彻底死去，他的本体还潜藏在樱的体内，意图夺取樱的肉体，但是却没想到黑樱已经完全脱离了她的控制。
黑樱将折磨了自己无数年的虫爷的本体——一个恶心而丑陋的虫子终于从寄宿在自己心脏上揪了出来，像踩死蟑螂一般杀掉。
脸上绽放出来的笑容，已经彻底失去了曾经的温暖，让人感到一股寒意。
最后的大战柳洞寺下，卫宫和rider、凛遇到了黑化saber，saber按照樱的要求让凛通过，却挡住了rider和卫宫。
黑化的saber拥有近乎无限的魔力，曾经当大招来用的誓约炮，可以当肆意挥舞，黑色的洪流宛如灭世之光。
但是在这里，一直以来都是酱油的rider，终于全面爆发，发挥出了自己应有的实力，摘去了眼罩，露出了她的魔眼。
美杜莎有着即使在魔眼之中也是相当于最高等级的石化魔眼“Cybele”。美杜莎拥有的石化魔眼，被认为不可能以魔术再现。
正如传说那样，被美杜莎的魔眼捕捉到者，对魔力在C级以下时就会无条件石化。B级者则须受到豁免检定来判定是否被石化。虽然无法石化A级者，但会带给对方“重压”的效果，使全能力下降一个等级。
Rider竟然跟黑saber打的难解难分，卫宫也投影螺旋箭，攻击黑saber。
两人同时开大，使用宝具对轰，眼看rider不敌，卫宫投影炽天覆七重圆环帮rider挡住了saber的攻击，rider占据上风，击败黑saber。
而卫宫趁着黑saber无法行动之际，上前亲手杀死了saber……
过往的一幕幕在脑海中闪过，跟saber的相遇，跟saber的并肩战斗。卫宫跟saber对视着，saber没有抵抗，他挥下了手臂，将剑刺进了saber的胸口。
那一剑的惆怅，仿佛戳在了观众们的心上，很痛，很难受，实在不是滋味。但是这就是卫宫自己选择的道路，注定只能由他来背负。
另一边，本应该是两个姐妹的凛和樱，也战斗在了一起。
一个是吞噬了无数英灵，第三法的半成品，魔力几乎无限的黑圣杯——樱。
一个是第二法的复制品，可以吸取无数个平行空间魔力的宝石剑——凛。
两人打的难解难分，每一次挥手，几乎就是毁天灭地的魔流，哪怕是英灵在这里，怕也不敌两人中的任何一个。
仅就程度来说，双方都不是完整的五大魔法，但却几乎接近第二魔法和第三魔法，因此实力应该说是平手，但凛更有战斗经验，肉搏技能师从武术大师绮礼，身为“普通人”的樱完全不是对手。
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