军队是统治者最有力的手段，也是统治的基础，对于这方面，李愔自然是十分万分重视，和陆青他们商量了几天，最后终于敲定一个方案，那就是先海后陆的原则，毕竟台湾这种岛屿，发展陆军基本没什么太大的用处，只有海军才是正途。
本来陆青手下就有一万多军队，再加上在岛上吞并了其它势力后，又有杨暕手下势力的加入，总兵力达到了三万余人。
不过这三万人里的水分可是极大，有相当一部分都没有经过专业的军事训练，甚至还有一些年纪都已经严重超标，对此李愔不得不和陆青他们将军队淘汰一部分，最后挑选出一万五千人的精锐，这些人都是年龄在十八岁以上，三十岁以下的青年，将官的年龄可以适应放宽，而且这些精锐全部都被编入海军之中。
这些人被挑选出来后，编制完全被打乱，然后进行统一的划分，现在暂时分为营、队、什三级单位，长官分别为校尉、队正、什长，其中每什十人，十什为一队，十队为一营，每营也就是一千人。至于营以上的编制，则暂时没有设立，因为按李愔的描述，以后就算是有战争发生，最多也只是与小股敌人战斗，太大的编制也没什么用，营这个编制就已经足够了。
另外在校尉之上，还设有郎将、将军、大将军三个更加高的军职，其中郎将可以统领五营，而将军则没有统军数量的规定，至于大将军，则只是一个虚衔或临时设立的职位，一般只有大规模的会战或有人立下天大的功劳时，才会被李愔任命为大将军。
一万五千海军被分成十五个营，现在由周龙和陆青两人负责操练，其中陆青被李愔任命为流求将军，统领着自己手下的第一支海军，而周龙虽然负责操练，但却和虎力一样，都没有正式在海军中担任职务，因为他们一个擅长练兵，一个擅长陆战，在海军中发挥不出自己的长处，所以暂时还在李愔的亲卫之中任职。其中周龙还好，他对练兵十分的有一套，所以倒是可以帮上忙，这次估计会在台湾多呆一段时间。
另外海军虽然是发展的重点，不过台湾岛上也不可能没有一点防卫力量，毕竟岛上还有不少土人，所以在被淘汰的一万五千人里，挑出一万相对不错的，分别驻扎到各个县内，剩下的五千人中，大部分都被分配到行政和司法部门，或为警察或为驿卒等等，反正都有固定的去处，每月的俸禄虽然不多，但却足够养活一家几口人了。
相比较而言，军队的改革还是十分顺利的，毕竟军令如山，只要李愔吩咐下来，陆青等人没有异议的话，立刻就能得到执行。倒是在政事上的改革有些麻烦，虽然反对力量弱小，但这些毕竟牵扯到台湾民生的各个方面，而且李愔又搞行政与司法分离，他自己却又没这方面的经验，所以下面的人一时间都十分不适应，开始时自然是一团糟。
对于这种情况，李愔也是没有丝毫的办法，毕竟他也只是参照后世的一些行政机构，可是对于这些机构的运行方式，他也只是知道一点皮毛，根本不适用现在的情况。幸好李愔总算是找对人了，代替他行使刺史大权的崔巍做了二十多年的官，行政经验丰富无比。而做为都察院长的陈宫也是个奇才，很快领会了自己都察院的职责和工作方式。
有这两个人在，台湾新政府从那种一团乱麻的状态，慢慢的被他们理清了条理，并且一点点的走上正轨。其实对于行政与司法分离，李愔也没有什么信心，只不过他知道一点，将行政与司法权放在同一群人手里，必然会滋生腐败，毕竟自己监督自己，每个人又不可能都是圣人，不出问题那才是怪事！
其实说到底，台湾这里不但是向海外开拓的第一步，也是他在行政上种下的一块实验田，趁着他现在还年轻，不但有时间，而且有资本犯错，所以无论在台湾这里的政体是否成功，对他来说都是一个积累经验的机会，而且在慢慢的改进中，总有一天会将自己理想中的那种政体完善起来。
李愔他们在二月间来到流求，除了与杨暕相见后，接下来的大部分时间都是在对台湾的军政体系进行改革，一直忙了一个多月的时间，军事上的改革总算是完成了，剩下就是在陆青和周龙的带领下，使新整合的军队产生战斗力了。
不过在政体上的改革，却才刚刚走上正轨，而且这才仅仅是基隆这个首府附近，台湾刚划分的几个县却还没有开始正式的改革。不过现在已经是四月份了，李愔可没时间在台湾耗着了，毕竟惜君再过两个月就要生了，他一定要赶在自己第一个孩子出生前赶回长安，毕竟从本质上来说，他还是一个超级顾家的好男人。
对于李愔如此不负责任的中途离开，崔巍和陈宫这些台湾官员都有几分腹诽，毕竟表面上台湾的官制和大唐差不多，可是在内部却已经被李愔改的面目全非，以前大唐的那套行政经验根本就行不通，一切他们也都是在摸索之中，好不容易有点起色了，李愔这个始作俑者却要回长安等老婆生孩子，这种行为简直是恶劣之极。
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